历次税改大多是同一税种的税率调整，或同一税目征税范围的扩大缩减，但此次“营改增”却是对同一纳税人在不同税种之间转换。不同的税率、不同的计税方法，而且还要区分小规模纳税人和一般纳税人，这都给企业的会计核算、政府部门的收入测算等带来挑战。

增值税采用“进项税抵扣”的政策，由最终消费者承担，解决重复征税问题，实行“全链条、全覆盖、全抵扣”，它有利于税负公平，因而不会成为企业的成本。而营业税则存在“全额征收，抵扣中断，重复征税，两税并存，区别对待，政策歧视”等制度性缺陷，从而制约了实体经济尤其是服务业转型升级、发展以及服务业与制造业协调发展，以及跨境服务贸易发展，因此，“营改增”将从投资、消费、出口、物价各个方面、各个领域、各个环节带来整体、宏观、深远的政策效应。

在中观方面，按照试点方案，在过渡时期暂维持现行财政体制基本稳定，改征的增值税全部留在试点地区，对试点产生的减收，中央和地方分别负担，但是按照现行体制增值税75%上缴中央，25%留成地方的做法，未来将涉及中央与地方财政收入分配关系调整等深层次问题。如果中央政策改为增值税75%部分划归或上缴中央，将减少地方财政收入规模、构成，进而影响可用财力，最终传递为转移支付数额的增减，从而对地方财政组织收入、安排预算的压力影响较大，地方政府财权与事权不匹配的矛盾和问题将会更加突出。

就税收征管体制而言，目前，国税、地税机构分设，“营改增”后，现有纳税户、税收征管资料要从地税部门移交给国税部门，面临国税、地税部门职责重新分工，转换征管职能或调整问题，将面临国税部门和地税部门如何分制的政治决策问题。就技术层面而言，对新设立的企业，且为混业经营，既有征营业税的业务，又有征增值税的业务，这类企业的税收，究竟是应该归中央财政所有，还是归地方财政，所有这些，将面临中央与地方财政分配体系的重新调整问题，从而面临财政体制与税收征管体制双重调整问题。

就企业微观层面来观察，将对企业的组织框架、经营模式、企业采购、发票传递、财务管理、会计核算产生一系列重大影响，如企业经营因抵扣发票获得问题，是否还要搞“小而全、大而全”。企业应认真开展“营改增”后对企业影响评估和分析测算工作，以便能事先对企业组织结构、业务流程、会计系统、税务申报、合同审阅签订等进行合理、科学调整或改变。

一般情况下，税改的时间与纳税年度及财政年度日期相吻合，即从每年的1月1日起，或7月1日起，但本轮税改是视改革准备工作是否充分而定，条件具备即可进行，改革时间的灵活性，改革时间全国未作统一安排，其灵活性安排使各省改革时间不同步且在具体操作方案方面存在一定的差异性。同时，改革的不确定给地方的相关测算和准备工作带了诸多困难。改革方案出台的临时性相关政策如税收收入归属、预算级次的划分、财政扶持政策均为暂时措施。由于改革政策效应强，影响的深度、广度较之以前税改大，将涉及中央与地方、国家与企业关系调整，涉及社会分工及产业政策调整，建议中央在总结试点地区试点经验的基础上，早作决断，使改革的政策效应进一步扩大。作为地方来讲，鉴于目前改革目的和方向已经明确，地方必须克服各种困难，未雨绸缪，早作谋划和准备，避免陷入被动局面。

此次改革的组织机制及操作流程一个明显的特点就是政府领导、财政牵头、国税和地税局具体承担、发改委、商务、交通等部门协调配合和加大宣传力度，在具体操作上需要由财政部门牵头，国税、地税、交通等多部门共同参与，方可顺利完成。